Prénommé Yoshirō dans son enfance, fils d'un commerçant devenu samouraï sous le nom de Sen Yohyōei, il devient moine au temple Daitoku-ji et spécialiste du chanoyu, la cérémonie du thé japonaise.
Rapidement, il est l'une des figures marquantes du style wabi (« simple et sain »). À l'âge de 53 ans, en 1575, il entre au service du taikō (premier conseiller de l'empereur), Oda Nobunaga, comme maître de thé. Il fait créer le style de poterie raku par Chōjiro. Il sert à partir de 1583 son successeur, Hideyoshi Toyotomi1.
En 1591, Hideyoshi aurait ordonné à Rikyū de se suicider par seppuku. Il aurait maladroitement laissé ses disciples (ou des ennemis) lui ériger une statue que ces derniers auraient placée parmi les statues de rakan qui ornaient la porte de type sanmon du temple Daitoku-ji ou Nanzen-ji. Ces statues se trouvent en général au deuxième étage d'une telle porte. Si bien qu'en passant sous cette ouverture, Hideyoshi passait en même temps sous la statue de Rikyū - ce qui le mettait en position d'infériorité. Lorsqu'il aurait appris la nouvelle, il aurait donc été contraint, à son corps défendant, de demander à son maître de thé de se suicider.
Sen no Rikyū se suicida au Jurakudai ou au Daitokuji, et la statue qui lui avait valu la mort fut décapitée (elle fut longtemps exposée dans le Tattchū Ōbai du Daitoku-ji).
Un de ses premiers disciples, Yamanoue Sōji, est l'auteur du Yamanoue Soji-ki, un ouvrage historique sur l'art du thé compilant l'enseignement de Rikyū.